Orientiert an ihren Altbeständen, entwickelt die RFB Erschließungs- und Forschungsprojekte. Das Themenspektrum umfasst die Wittenberger Reformation sowie die lutherische Konfessionsbildung und Lutherische Orthodoxie des 16. bis 18. Jahrhunderts. Hinzu kommt die spätmittelalterliche und frühneuzeitliche Universitäts- und Gelehrtengeschichte, die Fragen der Buch- und Überlieferungsgeschichte und des Humanismus umfassen. Darüber hinaus rückt der Bestand selbst in den Blick bei Fragen zur Provenienzgeschichte.
Außerdem unterstützt die Reformationsgeschichtliche Forschungsbibliothek Projekte ihrer Gesellschafter. Hierzu gehören Ausstellungen und Bestandsforschungen der Stiftung Luthergedenkstätten in Sachsen-Anhalt, aber auch die an der Stiftung Leucorea angesiedelten Forschungsprojekte. Über Kooperationsvereinbarungen unterstützt die Reformationsgeschichtliche Forschungsbibliothek auch externe Projekte durch bibliothekarische Leistungen.
